「魔法少女――それは強くて、格好良くて、しなやかで。誰もが憧れて、高給取りで、人気が高い、立派なひとつの職業だ」就職活動中に魔法少女としての才能を見出され、ベンチャー企業・株式会社マジルミエに新卒入社した桜木カナ。新人魔法少女となったカナは、越谷仁美をはじめとした、ひと癖もふた癖もある先輩社員たちと共に自然災害“怪異”の退治に励むことに。業務を通じてマジルミエ社が掲げる企業理念や人の命、仕事への責任を実感したカナは、社会人として、魔法少女として大きく成長を果たす。カナが入社してから半年後……。マジルミエ社は、現場の状況や“怪異”に応じて必要な魔法を魔法少女自身が発注する独自のシステム『アリスシステム』を業界全体へ浸透させるため、新種の“怪異”退治に乗り出す。だが、その裏には魔力の規制緩和や魔法少女を通じて金儲けを目論む勢力の思惑が渦巻いていて……。今、人々の笑顔と幸せを守る魔法少女たちの新たな戦いが始まる――