【明智あんな】は、マコトミライタウンに暮らす14歳の中学２年生！誕生日に現れた妖精【ポチタン】とお部屋にあったペンダントに導かれて2027年から1999年のまことみらい市にタイムスリップ…！そこで出会ったのは、名探偵に憧れている14歳の女の子【小林みくる】！そんな中、事件発生！？大切なものを盗まれて困っている人がいるみたい…！事件は【怪盗団ファントム】のしわざ…！？困っている人を見逃せない…！そんな思いから、あんなとみくるは【名探偵プリキュア】に変身！！名探偵プリキュアがみんなの笑顔を推理で守る！「そのナゾ！キュアット解決！」そして、あんなは元の時代に戻ることができるのか…！？